一、加班工资的计算基数比最低工资标准还低是否合理?

加班工资的计算基数比最低工资标准还低是不合理的，加班工资的计算基数可按照以下方法确定：

1、如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。

2、如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，具体包括国家统计局《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》 中规定“工资总额”的几个组成部分。但是应当注意一点，在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。

3、在确定职工日平均工资和小时平均工资时，应当按照劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》规定 ，进行折算。

4、实行计件工资的，应当以法定时间内的计件单价为加班费的计算基数。

5、加班费的计算基数低于当地当年的最低工资标准的，应当以日、时最低工资标准为基数。

二、加班工资的计算依据是什么?

(一)用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资;

(二)用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资;

(三)用人单位依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。

三、拖欠加班工资可以申请劳动仲裁吗?

拖欠加班工资可以申请劳动仲裁，根据规定，以下劳动争议均可申请劳动仲裁：

(一)因确认劳动关系发生的争议;

(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;

(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;

(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;

(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;

(六)法律、法规规定的其他劳动争议。

综上所述，如果员工发现劳动合同中约定的加班工资的计算基数，已经低于当地的最低工资标准是完全不合理的，员工应该要求公司重新调整加班工资的计算基数，一般加班工资可以按照员工每小时的实际工资收入计算，但节假日加班和平时加班的加班工资并不一样的。