一、隶属机构不同

1、侨办：中华人民共和国侨务办公室隶属于中央统战部。

2、侨联：中国侨联是由全国归侨、侨眷组成的全国性人民团体，前身是延安侨联和全国侨联筹委会。

二、职能不同

1、侨办：负责拟订侨务工作政策和规划，起草相关法律法规草案并督促检查贯彻落实情况；调查研究国内外侨情和侨务工作情况；协助国务院总理办理侨务事项；指导归侨侨眷工作；负责指导、开展对华侨华人及其社团的联谊和服务工作。

2、侨联：群众工作、参政议政、维护侨益。

三、组织机构不同

1、侨办：秘书行政司、政策法规司、国内司、国外司（港澳台司）、经济科技司（投诉协调司）、宣传司、文化司、机关党委、人事司。

2、侨联：中国侨联是全国性的一级人民团体，是全国政协的组成单位，由省市各级侨联组成。