1、面积不同：高邮站综合客运中心总占地面积246988.47平方米，总建筑面积81031.41平方米。高邮北站站房总建筑面积2000平方米，站房主体一层长81米、宽22.7米，建筑高度为15米。

2、位置不同：高邮站位于江苏省扬州市高邮市东部新城海潮路南侧，是中国铁路上海局集团有限公司新长车务段管辖的铁路车站，也是连镇高速铁路的中间站。高邮北站位于江苏省高邮市界首镇龙翔村，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的铁路车站，也是连镇高铁的一座区段站。