亚东县海拔2945米。其位于西藏自治区日喀则市东南部，北邻康马县、白朗县、岗巴县，向南呈楔状伸入邻国印度和不丹之间。为西藏自治区边境县之一。

亚东南部总体地貌为一山沟、亚东沟。堆纳乡和帕里镇之间有一面积约1000平方公里的山麓冲击平原。卓木拉日雪山位于帕里镇，距亚东县县城50公里。

山高约7400米，是早古生代地层和喜玛拉雅山花岗岩所组成的断块山系，形成了一个巨大的天然山口。由于卓木拉日雪山山脉横通于县境内的中部，从而导致亚东县北低—中高—南低的地势，还自然将县划分为两个迥然不同的地貌单元。