主要区别如下：

1、经费来源不同，即是否为财政拨款。公务员皆为财政拨款，事业单位一般是给予财政补助。

2、升迁机会不同，公务员升迁机会大。事业单位基本都是行政机关下面的二级单位，所以升迁机会较少。

3、性质不同。公务员是指依法履行公职、纳入国家行政编制、由国家财政负担工资福利的工作人员，事业单位一般是国家设置的带有一定的公益性质的机构，但不属于政府机构，与公务员是不同的。