员工通过电子邮件、微信、手机短信提出辞职是使用书面形式提出的辞职，可以认定员工具有辞职的意思表示，因此，员工通过电子邮件、微信、手机短信提出辞职属于使用书面形式提出的辞职，是有效的。

【法律依据】

《劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。