黑芸豆和黑豆的主要区别是形状、豆仁以及浸泡过后的颜色不同：

1、形状不同

黑豆在外观形状上会比黑芸豆要大，而且一般来讲黑豆的形状是比较扁平的，而黑芸豆的形状较为椭圆。

2、豆仁不同

黑豆的豆仁通常会有黄色和绿色两种颜色，而黑芸豆的豆仁颜色为白色。

3、浸泡过后的颜色不同

可以将黑豆和黑芸豆分别浸泡在水中，被黑豆泡过的水颜色类似于红糖水的黑褐色，而黑芸豆泡出来的水颜色为黑色，所以通过辨别浸泡过后水的颜色来区分，颜色较浅的便为黑豆。

黑豆和黑芸豆都含有丰富的营养价值，但通常来讲黑芸豆的豆粒会比黑豆的豆粒要小，其中所含有的淀粉含量高，属于淀粉豆的一种，和红小豆以及绿豆比较相似。而黑豆对于补充人体钙质这方面要比黑芸豆的功效要好些。