扁竹兰根直径4-7毫米，黄褐色；鸢尾根部直径1cm，黄绿。扁竹兰茎直立，无明显纵向脉；鸢尾茎弯曲，纵脉不明显。扁竹兰花为浅蓝色；鸢尾为蓝色和紫色。扁竹兰果实呈椭圆形，鸢尾为椭圆形或卵圆形。

根茎差异

扁竹兰的根茎直径4-7mm，颜色黄棕色，节间距长，根多为分枝。

鸢尾根状茎较强，直径为1厘米，颜色为黄绿色，须根很薄，很短。

茎叶差异

扁竹兰的茎直立在地上，是扁平的圆柱形。大约有10片叶子，黄绿色，没有明显的纵向脉。

鸢尾的茎稍弯曲，中部稍宽，向地面倾斜。叶片也是黄绿色的，有几条不明显的纵向脉。

花瓣差异

扁竹兰为浅蓝色或白色，直径5-5.5厘米，花梗和苞片长度基本相同，花被筒长1.5厘米。

鸢尾为蓝紫色，直径约10厘米，花梗短，花被纤细，约3厘米。

果实差异

扁竹兰果实呈椭圆形，表面有网状脉和6根明显的肋。

鸢尾果实为长椭圆形或倒卵形，有6根明显的肋。