杀花盆小蜈蚣可以采取家用灭杀蚊子、蟑螂、白蚁等害虫的气雾杀虫剂，多喷几下即可。农用阿维菌素或是百虫灵也可以灭杀蜈蚣幼体，驱赶大蜈蚣，且这二者还可以兼具驱灭其他害虫的能力，有毒性但很小，也适合家用。

石灰粉也可以灭杀小蜈蚣，驱赶大蜈蚣。具体做法是：先给花盆浇透水，然后在花盆土壤表面撒一些生石灰粉。但是不耐碱性的花卉不要施用生石灰粉。

雄黄可以驱灭蜈蚣蜘蛛等昆虫，且一次施用药效持续时间长。在花盆表面撒一些雄黄粉，再浇透水即可。如果要快速驱灭，可以用雄黄粉调制雄黄酒浇到花盆里，但药效时间不是很长。

需要注意的是，雄黄在一定条件下可以转化为剧毒物质。

蜈蚣一般喜欢在有一定湿度的松软土壤里穴居，或是蛰居在阴暗角落杂物里,爱贴地爬行，不太喜欢往高处攀爬。因此，摆放在庭院和一楼阳台的花盆，尽量不要密集，通风透气和透光，可以采用高脚花盆，并且定期疏松一下花盆表土破坏蜈蚣和虫子的生存环境，把落叶翻埋在土里加快腐殖，这样可以减少蜈蚣藏身花盆的机会。