肉豆蔻肠胃虚寒气滞，虚泻冷痢，脘腹冷痛，呕吐，以及肠滑不固，积食不化等症。

　　(1)用于虚泻、冷痢，如慢性结肠炎、小肠营养不良、肠结核等。偏于肾阳虚弱者，配补骨脂、五味子等，方如四神丸(见补骨脂的功效与作用项下);偏于脾阳虚弱者，配党参的功效与作用、白术、茯苓的功效与作用、大枣的功效与作用的功效与作用;脾肾俱虚者用养脏汤，此方治脱肛亦好。

　　(2)用于健胃，对有脾胃虚寒、食欲不振、鼓肠、腹胀、肠鸣腹痛者较适宜，又能止呕，治小儿伤食吐乳和消化不良。配香附的功效与作用、神曲、麦芽、砂仁、陈皮的功效与作用等。

　　注：

　　(1)过去商品中有一种带有种皮的玉果，称“长壳玉果”。长椭圆形，长4~5厘米，中部直径2.5厘米左右，两端略细而钝圆，种皮硬脆，褐色，内种仁椭圆形，棕色，香气弱，味辣。质次。主产于印尼的西伊里安。

　　(2)玉果花为肉豆蔻种仁外的假种皮。长4厘米左右，厚约1毫米，下部连合，上部裂成数瓣，橙红色，如腊制花朵故习称玉果花。商品多已压扁，易破碎，气芳香，有驱风、兴奋等功效。