南京清明假期高速免费通行是按照下高速的时间算的。

　　清明假期期间，南京高速免费通行，在免费时段内驶离收费站出口车道的，按0元扣费；在免费时段结束后驶离收费站出口车道的，正常扣费。

　　也就是说，如果上高速时间不在免费时段内，但是下高速的时候在免费时段内，那么就免收高速费;

　　如果上高速的时间在免费时段内，但是下高速的时候不在免费时段内，那么还是正常收取高速费用的哦!

　　建议司乘根据实际位置和时间，选择就近收费站驶离高速公路，避免因赶时间、超速行驶而引起安全事故，同时最大限度地享受免费政策。