1、城市性质区别：东京都是日本的首都，京都是日本的一座内陆城市。

2、地理位置区别：东京都属于日本地域中的关东地方，京都属于日本西部，京都府南部，属于日本三大都市圈之一大阪都市圈的重要城市。

3、都厅区别：东京都都厅所在地为新宿区，京都为京都府府厅所在地。

4、城市人口区别：东京都人口为13,784,212人。是日本人口最多的都道府县。

京都人口为1469472人。是日本人口第八多的都市。

5、地理位置区别：东京都属于平原，京都属于盆地。