1、冷藏或冰冻保存：原则上讲，从采样到分析的时间间隔应越短越好。水样若不能及时进行分析，一般应保存在5℃以下（大约3～4℃左右为宜）的低温暗室内。这样可使生物活性受到抑制，生物化学作用显著降低。

2、加入保存药剂：水样保存的另一种方法是加入保存药剂。加入的方法可以是在采样后立即往水样中投加化学药剂，也可以是事先将化学药剂加到盛水器里。对保存药剂的一般要求是，有效、方便、经济并且应对测定无干扰和无不良影响。