破坏肠道细菌(消化系统)的生态平衡抗生素能够治病是通过它杀死或抑制细菌的生长来达成的，但它对细菌的杀灭作用是没有选择性的，也就是不管是有益还是有害的细菌它同样杀灭，这就造成用药的同时把很多对猪消化吸收有帮助的细菌如双歧杆菌、乳酸杆菌等也消灭了。猪体从采食饲料中得到的营养如氨基酸、钙、磷、糖等等是由肠道吸收的，其中小肠是直接吸收器官，大肠则是通过对食物酵解(发酵)来完成对养分的吸收，同时制造了部分体内所需要的营养如维生素，这个过程必须有（前面说到的有益菌）参与才能顺利完成，否则就会出现消化吸收不良而诱发肠胃病、生长发育不良等症状。

形成药物依赖或耐药性由于长期滥用药物，导致猪体内有益细菌得不到繁殖，肠道生态处于一种不平衡状态，一旦有害细菌如大肠杆菌，沙门氏菌等适应了药物(产生耐药性)，遇到环境变化(应激)或停药，此时有害细菌就会大量繁殖而导致发病，这时候采用药物治疗效果就会大大降低，甚至完全失效。

过量用药会导致内分泌失调实践证明长期大量使用抗生素，会导致动物体内酶系统分泌能力下降，从而直接影响食物的消化、吸收、转化效率。