先用55-60℃的温水对黑籽南瓜进行温汤浸种，再浸泡6-8小时，然后用清水反复冲洗，去除种子表面的黏液，沥干水分后用湿布包好，置于25-28℃条件下催芽，当大部分种子露白后播种，播种后覆膜保湿。可直接播于营养钵（袋）中，也可播于事先准备好的苗床中。

播种后保持苗床温度25-28℃，一般4-5天后即可出苗。出苗后，白天要揭去覆盖的地膜，苗床白天温度不超过25℃，夜间维持在15-16℃。也可以采用分苗的方式育苗，即先播种在苗床上，密度较大，待出苗后5-7天，两片子叶完全展开时再移栽到营养钵（袋）中，待移栽成活后，夜温由15℃降到10℃左右。苗床要注意通风降湿，防止幼苗徒长。当幼苗长到4或5片真叶，侧枝刚萌生时，即可定植。一般育苗期40天左右。

种植黑籽南瓜，应在早春及早播种，如播种过晚，气温日渐升高、日照时间逐渐延长，会导致雌花生长不良，不易结瓜。