同一穗玉米的籽粒会出现不同颜色是因为：不同品种相互之间的自然授粉杂交，使得籽粒糊粉层或胚乳的颜色发生变化。玉米植株的不同品种能够之间使得籽粒糊粉层或胚乳的颜色发生变化的影响因素有：玉米品种混杂、退化、不同玉米品种间作混种、风力的影响、像金龟子或盲蝽蟓等害虫的影响、人工授粉以及播种时不同玉米品种之间播种的间隔距离过短。

防治玉米籽粒出现不同颜色可以选用质量较好的品种,舍去种植时期较长的品种；其次，不同玉米品种邻近种植时,应该错开种植时期，并且做好隔离，在播种时将相互之间的间隔留得大一些；最后，在玉米植株的开花受精时期，要防止害虫为不同品种的玉米植株之间进行授粉，应该选择相应的杀虫剂除去害虫。