冬季绿萍致死的主要原因是低温、冰雪与冷风。因此，在冬季出现低温、冰雪的地区都需采取相应的保温防冻、甚至增温措施，保护萍体安全越冬，以确保翌年春繁秋种。越冬保萍方法有湿保和于保两种，即水面放养保温越冬和鲜萍堆藏越冬。而水面放养保温越冬又分人工保温床越冬和自然水面（温泉、工业无毒废暖水）越冬。

人工保温床越冬的方法很多，以塑料薄膜覆盖萍床为最常见，保萍效果亦好。一般11月底陆续入床，放萍量为每平方米700-1000克。放萍后要保持水质清洁，注意治虫防苔，严冬时节晚间需增加覆盖物保温防冻。若床温较高，绿萍增殖，可适施磷、钾肥。温度高于25℃时，要揭膜通风降温，以防热害。自然水面越冬的管理基本上与萍母田相似。

鲜萍堆藏越冬。主要是利用萍体与微生物在冬季低温条件下代谢弱的特点，采用疏松堆积法保存种萍，避过寒冬。在管理上，堆温（尤其是人堆后一周左右的堆温）的控制是堆藏保种成败的关键。正常堆内温度应为3-5℃，防止冰冻和l0℃以上的堆温出现。若堆温超过l0℃，应通风降温，或趁天气回暧时，在自然水面放养，至寒潮来临前再次捞起堆藏。但次数不能多，以免影响成活率。