慢性回肠炎的病变部位多发生于小肠末端50厘米处以及邻近结肠上1/3处，增生程度有很大差异，但进一步的病变则为肠壁明显变厚，肠腔直径显著增加。感染的肠黏膜形成很深的横向及纵向皱褶而隆起。由于增生导致的黏膜皱褶增厚而将其命名为肠腺瘤病。肠黏膜表面潮湿，但没有黏液。肠黏膜表面上有点状、炎症渗出物和纤维素松散黏附。病变较轻微或病变范围较小时，应仔细检查回肠末端靠近回盲瓣10厘米处，因为此处是最易发生感染的部位。