鸟类是从中生代侏罗纪的一种古爬行动物进化来的，其直接祖先尚不太明确。1816年，一个工人在石灰石山上打石板时第一次偶然发现鸟类化石，确凿无疑地证明了鸟类是从爬行类动物进化来的。

迄今为止，属于原始鸟类的化石报道有5例(1861、1887、1959、1970、1973年)，均采于德国巴伐利亚省的石灰岩层中，该地层属侏锣纪，距今约l亿5千万年，古代是热带淡水湖泊。这些化石标本，以1861年和1887年采到的两架化石标本最为完整，分别命名为始祖鸟和原鸟。

在世界各地还发现了一些鸟类化石，两个著名的化石鸟特别值得注意，一个是鱼鸟，其是一种海鸥形的小海鸟，生活在白垩纪沿着北美内海的海岸，大约在1亿年前；另一个是黄昏鸟，是一种不会飞的潜水鸟。

始祖鸟被称为鸟类的祖先，但从起源与进化的角度上讲，其只是由爬行类过渡到鸟类的中间类型，即其具有爬行类和鸟类的过渡形态。目前比较一致的看法是：始祖鸟是从类似于鸟龙类的假鳄类进化而来的。