有孤对电子的原子或离子都是配位原子，如F-、Cl-、Br-以及氮原子、氧原子等都是配位原子。配位原子指的是配位化合物中直接和中心原子（或离子）配位的配位体的原子。配位原子提供孤对电子被中心离子接受形成配位键。

配位原子主要属于化学元素周期表中右上角第15（VA）、16（VIA）、17（VIIA）类三个主族元素，外加负氢离子和碳原子，常见的是氟、氯、溴、碘、氧、硫、氮、碳八种元素。

例如，[Cu(NH3)4]SO4中的配位体为NH3分子，其中N原子直接和中心金属离子键合，所以配位原子是N而不是H原子。同样，在K3[Co(CN-)5(SCN)]中配位原子是CN-配位体中的C原子和SCN-配位体中的S原子。在多齿配体中，可有两个或两个以上的配位原子。例如在[Co(NH2CH2CH2NH2)3]SO4中，乙二胺配位体中的两个N原子均为配位原子，所以CoⅡ的配位数仍为6。