1、形成原因不同：雨花石由原生、次生搬运、沉积砾石层三个复杂而漫长的阶段形成；鹅卵石是河床隆起产生的砂石山，因山洪冲击不断挤压、摩擦而成。

2、产区不同：雨花石主要出产于江苏省南京市六合区；鹅卵石全国各地江河都有存在。

3、成分不同：雨花石的成分以二氧化硅为主，其中红色成分为铁离子和亚铁离子；鹅卵石化学成分为二氧化硅，含有少量的氧化铁，微量的锰、铜、铝、镁等元素及化合物。