主要区别有五点：区别一，是否属于国家体制内。备案制就是合同制，体制外的，不是正式的。编内是体制内的，正式的。区别二，单位和员工互相选择的权限。备案制，单位和员工互相选择的范围更大些；编制内，单位和员工互相选择的范围很小。区别三，享受的社会保障有差别。备案制，职工按照当地有关的劳动法，可享受五险（即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）社会保障，但没有二金（住房公积金和职业年金）；编制内，职工享受的工资待遇，按照人社部门规定的标准来计发，可享受二金五险（即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金、职业年金）的社会保障。区别四，工作的稳定性。备案制，较稳定。编制内，很稳定。区别五，享受的工资待遇。备案制，比常说的合同工的待遇提高。编制内，比备案制员工高。