1、始建时间不同：南宁东站站房工程于2012年7月25日开工建设，2014年12月26日正式开通运营；南宁站1951年2月25日开通运营；2013年12月30日开通动车组列车。

2、站台规模不同：南宁站的站台规模是7台13线；南宁东站的站台规模是13台30线。

3、建筑面积不同：南宁东站总建筑面积26.7万平方米，其中站房建筑面积12万平方米，候车大厅面积达5.8万平方米（相当于8个标准足球场），纯商业面积2.8万平方米，地方配套建筑面积22万平方米，建筑总高度48.25米，共24座站台；南宁站总建筑面积7000㎡，候车室面积3564㎡，建筑总高度20.4米，13座站台。