甲烷菌可以净化污水。甲烷菌属于原核生物，是专性严格厌氧菌、生长繁殖特别缓慢、培养分离比较困难。产甲烷菌不能在有氧气处生存，因此它们只能在完全缺乏氧气的环境中被发现。只有产甲烷和发酵作用能够在只有含碳化合物作为电子受体的情况下发生。产甲烷作用对人类也有用处。通过产甲烷作用，有机废物可以转化成有用的甲烷（“沼气”）。产甲烷作用同样在人和动物的肠道中发生。甲烷菌很古老，大概是地球上最古老的生命体。在地球的初始状态下，由于特殊的环境造就使得甲烷菌得以诞生。它们不需要氧气仅靠现成简单的碳酸盐和甲酸盐等物质就可以很方便地呼吸并维持生命。它们具有生命实体——细胞，而且开始自然繁殖。它们就是生物的鼻祖，也是最早的甲烷菌。今天，地球早已经不比当初，而甲烷菌却依然保持着本性，仍然厌氧。当然，如今的甲烷菌有着广泛的“食物”来源，例如，杂草、秸秆、树叶，食堂里的残羹剩饭，还有动物粪尿，甚至垃圾等，这些都是甲烷菌的最好。在沼泽和水草茂密融池塘底部，一般是极为缺氧的，甲烷菌常常躲在这里饱餐，同时呼出一口气来，这就是所谓的沼气泡。