1、外观不同：圣女果果实比较长，市场上有两种品种，一种是红色的，一种是黄色的。而千禧果果实比较短，圆圆的长得比较娇小，比圣女果要小一倍，果色是深红色。

2、口味不同：圣女果有点酸酸的；而千禧果一点都不酸，还很甜，水分很足，更像是水果。

3、产地不同：圣女果是从台湾引进中国的品种，在我国大部分地区都可以种植，产量也比较高。而千禧果是从圣女果里面培育出来的新品种，产地主要分布在海南省，但广西省和广东省也有少量的种植，其中海南省产地产的千禧果是最正宗的。

4、价格不同：千禧果的价格要高于圣女果。