新生儿益生菌一般包括乳杆菌和双歧杆菌。益生菌一般被认为是食入后对宿主有正面效益的活性微生物。在医学上，目前科学证据无法显示益生菌的使用有助于改善免疫系统和肠道健康、缓解便秘及预防感冒等。其一般来说是安全的，但在极少数个案中可能造成不良反应，有研究人员认为抗生素治疗后服用益生菌会阻碍肠道微生物组的恢复。人体、动物体内有益的细菌或真菌主要有乳酸菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等，其被广泛应用于生物工程、食品安全以及生命健康领域。