1、成本问题。双离合变速器的结构复杂，制造工艺要求的也比较高，所以成本也是比较高的。所以我们看到配备双离合变速器的都是一些中高挡的车型；

2、扭矩问题。虽然在可以承受的扭矩上，双离合变速箱已经绝对能满足一般的车辆的要求，但是对于激烈的使用还是不够。因为如果是干式的离合，则会产生太多的热量，而湿式的离合，摩擦力又会不够；

3、由于电控系统和液压系统的存在，双离合器变速箱的效率仍然不及传统手动变速箱，特别是用于传递大扭矩的湿式双离合器变速箱更是如此；

4、当需要切换的挡位并未处于预备状态时，换挡时间相对较长，在某些情况下甚至超过1秒；

5、双离合器变速箱相比传统手动变速箱更重。早期的双离合器变速箱可靠性欠佳。