摩托车发动机磨合期烧损严重的原因有冷却液不足、冷却风扇故障、节温器故障。

冷却液不足:

发动机长时间的水循环会导致发动机冷却系统的冷却液流失缓慢，导致水箱缺水。如果车主没有及时检查和添加冷却液，很容易导致发动机过热。

冷却风扇故障:

冷却风扇损坏或电线短路可能导致风扇工作或冷却风扇转速变慢，导致发动机热量无法散发，发动机自然温度升高。

恒温器故障:

恒温器是控制冷却液流动路径的装置。一旦卡死或者失效，发动机的大小循环都会受到影响，发动机的热量得不到有效的散发。