出差发生交通事故公司负责负责，如果员工是开车为单位办公事，由于违反交通法规肇事，造成了自身的伤害，单位是应按工伤处理的.造成的车辆损坏也不能由员工赔偿，只能按违反劳动纪律的相关条款处理给予行政处分.在这样的事故中单位也是有一定责任的，应承担对员工安全生产教育不够的责任。

出差发生的交通事故公司应该赔偿工伤期医疗待遇、伙食费和交通费待遇、工资和福利；康复费、安装假肢、矫形器、假眼、假牙和配置轮椅等辅助器具；另外公司安排护工、生活护理费。

法律依据：《交通事故工伤保险条例》 第三十条 职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。

职工治疗工伤应当在签订服务协议的医疗机构就医，情况紧急时可以先到就近的医疗机构急救。

治疗工伤所需费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准，由国务院社会保险行政部门会同国务院卫生行政部门、食品药品监督管理部门等部门规定。