1、废除丞相

洪武九年（1376年），朱元璋下令撤销行中书省，设立承宣布政使司，提刑按察使司和都指挥使司，分掌行政，司法，军事权力，三者地位平等，互不统摄，向中央负责。

2、设立廷杖制度

洪武十三年（1380年），他借口胡惟庸谋反，趁机宣布撤销中书省，不设丞相，提高六部职权，分掌天下事务，直接向皇帝汇报。同时将掌管全国全国军事的大都督府一分为五，改为前，后，左，中，右五军都督府，分领所属都司卫所部队，但无权调兵。

3、设立锦衣卫

洪武十五年（1382年），朱元璋为了加强监视，特别设立了特务机构锦衣卫，成为他实行特务政治的重要手段，也形成了历史上有名的明代特务政治。锦衣卫隶属于皇帝的亲军体系，长官为指挥使，下领官校。

官为千户，百户，校为校尉力士，因穿橘红色服装，骑马，故又称“缇骑”。锦衣卫下设镇抚司，有监狱和法庭，成为“诏狱”直属皇帝，权力很大。