二者的名称、性质、内容、发证机关、费用等不同。
1、名称不一样。房产证的全名叫做中华人民共和国房地产权证，而不动产证的全名叫做中华人民共和国不动产权证书。
2、性质不同。不动产证通常是包括房产证以及土地使用证是二证合一的产物，而房产证只包含房屋的使用权证。
3、内容不同。房产证包含的内容要比不动产证少一些，不动产证增加了不动产单元号，适用期限，以及镭射区。
4、发证机关不同。房地产证是由当地的房管局发放的，而不动产权证是县级以上人民政府办理的不动产登记工作部门所发放。
5、费用不同。在办理房产证时，通常有两次测绘费用以及两次工本费，而不动产证只有一次测绘费用，并且工本费也只有一次