1、两者发生的原因不同。无效行政行为发生的原因是特别严重且明显的瑕疵，而可撤消行政行为发生的原因是合法要件缺损或行政决定不适当，属于一般的瑕疵。
2、两者溯及效力不同。无效行政行为它自始至终不发生法律效力，因而在理论上不能作合法、有效的推定。而可撤消行政行为虽然通常使行为自始失去法律效力，但根据公益需要或行政相对人是否存在过错等情况，撤消有可仅使行政行为自撤消之日起失效。
3、两者的确认主体不同。无效行政行为确认主体除了有权国家机关。予以确认以外，行政相对人及其他利害关系人也可自行判定并予以抵制（如《中华人民共和国行政处罚法》第49条规定：行政机关及其执法人员当场收缴罚款的，必须向当事人出具省、自治区、直辖市财政部门统一制发的罚款收据；不出具财政部门统一制发的罚款收据的，当事人有权拒绝缴纳罚款。而可撤消行政行为的确认主体只能是有权的国家机关（复议机关和人民法院），行政相对人自己无撤销之权。
4、两者的诉讼时效不同。如果相对人向法院提出确认无效的请求，不受诉讼时效的限制。