员工获得的经济补偿金要扣个税。

财政部、国家税务总局《关于个人与用人单位解除取得的一次性补偿收入征免问题的通知》(财税【2001】157号)第1条规定：“个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》(国税发【1999】178号)的有关规定，计算征收个人所得税。”第2条规定：“个人领取一次性补偿收入时按照国家和地方政府规定的比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险费、基本费、失业保险费，可以在计征其一次性补偿收入的个人所得税时予以扣除。”

国家税务总局《关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》第2条规定：“考虑到个人取得的一次性经济补偿收入数额较大，而且被解聘的人员可能在一段时间内没有固定收入，因此，对于个人取得的一次性经济补偿收入，可视为一次取得数月的工资、薪金收入，允许在一定期限内进行平均。具体平均办法为：以个人取得的一次性经济补偿收入，除以个人在本企业的工作年限数，以其商数作为个人的月工资、薪金收入，按照税法规定计算缴纳个人所得税。个人在本企业的工作年限数按实际工作年限数计算，超过12年的按12计算。