1、存疑不起诉不代表是无罪。
2、一般来说，存疑不起诉，案件在检察院阶段就结束了，而无罪判决是案件公诉到法院，作出的无罪判决，所处的阶段不一样，作出的机关不一样。
3、而且不起诉并不一定意味着无罪，在刑法之相关规定里面不起诉存在三种情况：
1、法定不起诉：存在于下列六种情况：
（1）实施的行为情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的。
（2）犯罪已过追诉时效期限的。
（3）经特赫令免除刑罚的。
（4）依照刑法属于告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的。
（5）被告人死亡的。
（6）其它法律、法令规定免予刑事处罚的。在这种情况下是无罪的，也没有记录。
2、酌定不起诉是说对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这样并不意味着无罪，而只是犯罪情节轻微可以不追究刑事责任。
3、一般来说存疑不起诉就是指没有足够证据证明犯罪成立的。在这种情况下一旦证据充足，检察机关还可以再次起诉，这种无罪是相对且暂时的。