（一）区分罪与非罪的界限
认定徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪与非罪的界限，除认真把握法律对本罪主体、主观方面、客观方面的规定外，还要注意查明是否致使国家利益遭受重大损失。只有致使国家利益遭受重大损失的行为，才构成本罪。对于虽违法办理了发售发票、抵扣税款、出口退税，但被及时发现，没有造成损失的，不以犯罪论处，而应由有关主管部门依法追究其行政责任。
（二）区分本罪写诈骗罪、骗取国家出口退税款罪、偷税罪、非法出售增值税专用发票罪等犯罪的界限
行为人和办理发售发票抵扣税款、出口退税工作中的徇私舞弊行为，往往会在实际上为他人实施诈骗、骗取国家出口退税款、偷税、非法出售增值税专用发票等犯罪起到帮助作用，因此，必须注意划清本罪与这些犯罪的界限，其关键在于查明行为人主观上是否与这些犯罪分子具有共同的犯罪故意。如果查明行为人主观上与诈骗、骗取国家出口退税款等犯罪分子具有共同犯罪的故意而相互勾结，那么，其在客观上所实施的非法办理发售发票、抵扣税款、出口退税行为就属于诈骗、骗取国家出口退税款等犯罪的帮助犯，应当以这些犯罪的共犯定罪处罚，而不再按本罪处罚。
（三）区分本罪与彻私舞弊不征、少征税款罪的界限
徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口门退税罪与徇私舞弊不征、少征税款罪相比，在主体、客观方面均有相同或相似之处，但在客观及主观方面上则有明显的差别。两者在客观方面的区别主要表现为：其一，两者虽都发生在税收征管领域，但发生的具体阶段不同。徇私舞弊不征、少征税款罪往往直接发生在税务机关的工作人员在征收税收的过程中，或者应当 对危害税收征管罪的刑罚，包括管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑，以及罚金和没收财产。其中虚开增值税专用发票，虚开用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪，以及伪造、出售伪造的增值税专用发票罪，骗取出口退税罪、非法出售增值税专用发票罪的最高刑是无期徒刑。其他最高刑为有期徒刑。
对于涉嫌危害税收征管犯罪的税收违法行为，税务机关可以依法先行给予行政处罚。当人民法院审判构成犯罪并判处罚金时，税务机关已经给予当事人罚款的，应当折抵罚金。
在刑事处罚中，税款追缴优先。因犯逃避缴纳税款罪、抗税罪、逃避追缴欠税罪、骗取出口退税罪、虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票罪，被判处罚金、没收财产的，在执行前，应当先由税务机关追缴税款和所骗取的出口退税款。
对于纳税人有涉嫌逃避缴纳税款罪税收违法行为的，经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，且已受行政处罚的，不予追究刑事责任；但是，5年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予两次以上行政处罚的除外。