员工违反保密协议的后果，是可能要承担以下法律责任：
1 民事责任，公司可以要求员工赔偿因违约或侵权给公司造成的损失。
2 行政责任，根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处以一万元以上，二十万元以下的罚款。同时工商管理机关还可以责令侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。
3，刑事责任。对于违反保密协议造成严重后果的当事人，我国刑法规定了侵犯商业秘密罪。
《刑法》第二百一十九条 有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金：
（一）以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的；
（二）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；
（三）违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。
明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密的，以侵犯商业秘密论。
侵犯商业秘密罪中的重大损失，是指经济方面的重大损失，包括减少盈利、增加亏损、引起破产、在竞争中处于不利地位等等。根据司法实践，给商业秘密权利人造成直接经济损失数 额在50万元以上的，致使权利人破产或者造成其他严重后果的，应当追诉。值得注意的是，必须查明行为人所实施的侵犯商业秘密的行为与权利人遭受重大损失之间的因果关系；如果行为人实施了盗窃商业秘密等行为，但该行为本身并没有造成权利人重大损失的，不成立侵犯商业秘密罪。