丢失了农村宅基地证，可以去房屋管理部门申请补办。具体的补办流程如下：
1、 先登报声明将原《房屋所有权证》作废，登报后张贴公告征求异议;
2、 10日后如无异议由房主申请所属镇的规划建设管理站的工作人员到实地测量;
3、 房屋所有权人提供身份证、户口薄复印件、登记声明作废报纸原件、村委证明等相关材料;
4、 申请重新办理《房屋所有权证》。
宅基地证，通称宅基证。是我国在农村合作化后，农村村民在集体土地上因建房需要，向集体组织申请建房用地，经集体报送县(市)人民政府批准后，向县(市)土地行政主管部门申请办理集体土地使用权登记并由县(市)人民政府颁发《集体土地使用证》。
宅基地允许建房，但建房之前还需要提出申请，经批准以后，才能凭宅基地证和准建证去申请办理房产证。
宅基地地上的房屋等建筑物的确权问题，可以办理房产证，但是，由于宅基地本身的使用限制和建筑物无法与土地分割的实施，造成宅基地相对应的房产证没有实际用途--无法像国有土地上的房产一样，可以抵押、出售以获得其实际收益。
宅基地证，即“集体土地使用证”，但集体土地使用证具有更为广泛的定义，既包括宅基地使用权，还包括其他集体或集体内部成员所使用的集体建设用地使用权证明，如：村办学校、办公室、村办企业等等。
集体建设用地使用权是与国有建设用地使用权相对应的，区别在于使用权的权限：集体土地未经批准不得转让、出售、，使用权人只能是本集体组织内部成员;而国有建设用地就没有上述相关的规定。相对而言，宅基地的使用有更为严格的要求：一户一宅、年满18周岁、没有住宅。