1、难以知晓设定抵押权的情况
有些房地产开发商由于资金不足，便用建设用地土地使用权到银行做贷款抵押。以建设用地使用权抵押的，该土地上的建筑物一并抵押。购房人如果不要求办理土地使用权证，就不容易了解到在土地使用权上设定的抵押，也就无法及时规避风险。一旦房地产开发商无力偿还银行贷款，银行将依法拍卖该土地使用权，并从价款中优先受偿。而此时房地产购买者的合法权益将很难得到维护。
2、难以发现开发商违规用地的事实
有些开发商一味追求经济利益，在建设用地手续不全甚至没有建设用地使用权的情况下就进行房地产开发。购房者不注意办理土地使用权证，就无法发现自己购买的是无土地使用权的违规建筑。此时开发商或是逃之夭夭或是无力赔偿，最后受损失的还是购房者。
3、无法进行二手房交易
《城市房地产管理法》规定，房地产上市交易，必须出示房屋所有权证和国有土地使用权证。许多业主在进行二手房交易时，方才想到去找开发商要求办理土地使用权证，但此时开发商多已人去楼空。这就给想要交易的房主带来了很大麻烦，也影响到了二手房市场的发展。
4、拆迁补偿时会遭受损失
建设部《城市房屋拆迁估价指导意见》第三条规定，房屋拆迁评估价格为拆迁房屋的房地产市场价格。因此，拆迁补偿金不仅包含房屋所有权价值，还包含了土地使用权价值。消费者在购买房地产时，就已经支付了相应的土地使用费。但是购房者如果未办理土地使用权证，在拆迁过程中就可能得不到关于土地使用权的相应补偿。因为没有土地使用权证，动迁单位就无法确认业主对土地的合法使用权利。
5、容易遭受意外损失
土地使用权依据用途可以分成住宅用地、工业用地、福利性项目用地及综合类性质用地等类别。我们通常购买的商品房都是建造在住宅性用地上。但是近些年兴起了一些所谓“单身公寓”、“酒店式公寓”或是商住两用楼，开发商以商住两用或是酒店式管理来吸引购房者，有时却是给消费者设下的陷阱，因为此类楼盘有些是建设在公共性建设用地上。由于建设用地的用途不同，购买此类房地产会给消费者带来许多意想不到的损失。诸如，房屋分摊的公共面积较大;交易契税较普通的住宅楼要高;物业管理费用较高;按揭贷款的年限较短等。更为重要的是，此类楼盘通常并不认为是住宅，因此一般不允许落户。所以，购买商品房时，还应关注建设土地用途。