1、两者包庇的对象不完全相同。前者仅指“犯罪的人”；后者则为“当事人”，既包括刑事案件的自诉人、被告人、被害人、也包括民事、行政案件的原告、被告、第三人，范围更宽；
2、客观方面的表现形式不完全相同。前者表现为犯罪人提供隐蔽处所、财物，帮助其逃逸或者作假证明的行为；后者表现为帮助当事人毁灭证据或者伪造证据，且情节严重的行为。
3、社会危害程度不同。实施包庇罪的行为人一般系在公安司法机关未侦破案件、未发现、未确定犯罪嫌疑人、被告人的情况下，向公安司法机关作假证明，扰乱司法工作的正常进行，可能导致错失案件的侦破时机，扰乱侦查方向，影响证据的收集，可能使犯罪分子，继续危害社会，无辜者遭受不白之冤，社会危害程度与仅仅针对证据实施的毁灭、伪造行为更为严重，因此刑法规定了较重的法定刑。如果行为人同样是采取帮助当事人(被告人)毁灭证据，在这种情况下，区分两罪的关键，就在于行为人是否向司法机关作假证明。即如果行为人帮助隐匿、毁灭、伪造证据，并且作假证明包庇被告人、犯罪嫌疑人的，则构成包庇罪；如果行为人以毁灭、伪造证据方式帮助被告人、犯罪嫌疑人逃避法律追究，情节严重的，但没有向司法机关作假证明，则构成帮助毁灭证据罪。