1.变更规划许可条件应当遵循的程序是，建设单位或者个人向城乡规划主管部门提出申请，就变更的目的、理由及依据等进行说明；城乡规划主管部门就申请变更主要内容进行审核，对不符合控制性详细规划的不予批准，对符合控制性详细规划批准的变更申请，应及时将变更的规划条件进行公示并向土地主管部门通报；土地主管部门应当依据变更后的规划条件与建设单位或者个人重新签订国有土地使用权出让合同，其中非经营性用地改变为经营性用地的，应依法办理招标、拍卖、挂牌出让等出让手续，需补交土地低价差价的应按规定补交地价差价。
2.法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第四十三条 建设单位应当按照规划条件进行建设;确需变更的，必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出申请。变更内容不符合控制性详细规划的，城乡规划主管部门不得批准。城市、县人民政府城乡规划主管部门应当及时将依法变更后的规划条件通报同级土地主管部门并公示。
建设单位应当及时将依法变更后的规划条件报有关人民政府土地主管部门备案。